Saint Genès de Blaye est établie sur les bords de la Gironde depuis la préhistoire. Dotée d’un habitat dispersé, la commune est constituée de hameaux répartis jusque sur les rives de l’estuaire.
Des haches néolithiques, trouvées à Ségonzac, attestent une occupation du site dès la préhistoire. Le maintien de la présence humaine est confirmé par la découverte au prieuré de meules gauloises et des vestiges d’une villa gallo-romaine. D’ailleurs, en 1890, une seconde est mise au jour dans le domaine du château de Ségonzac et toujours au XIXe siècle, François Daleau découvre un sarcophage gallo-romain contenant une céramique. De plus, un chapiteau mérovingien, réemployé en margelle de puits au bourg, prouve que le site reste occupé après le déclin de l’empire romain.
Au XIVe siècle, l’église est appelée Sanctus Genesius de Segonzaco. Le bourg se développe à l’époque autour d’un prieuré dont subsiste l’emplacement. Plusieurs châteaux semblent cohabiter sur le territoire, notamment le château de La Salle, signalé au XVIe siècle et le château de Ségonzac. L’époque de construction de ce dernier n’est pas connue, mais on sait que le , Marguerite Thérèse de Bellot épouse François Beaupoil de Saint-Aulaire dans la chapelle du château.
L’analyse des matrices cadastrales de Saint Genès de Blaye permet de connaître les propriétaires des palus dans les années 18303.
À la fin du XIXe siècle, Saint-Genès-de-Four devient Saint Genès de Blaye, connu par la renommée de ses châteaux viticoles et par les personnages illustres qui l’habitent, notamment Jean Dupuy, propriétaire du journal Le petit parisien et son fils Pierre.
Au cours du XXe siècle, la viticulture reste la principale activité de la commune. Les domaines viticoles les plus connues sont les châteaux Ségonzac, Pérenne et le Prieuré.
Les prestigieuses demeures…
Aucun des sites de la commune n’est mentionné dans la documentation pour le Moyen Âge, ni même pour le début de l’époque moderne. Seule la toponymie permet de penser que le manoir de La Salle pourrait correspondre à une implantation ancienne, mais vraisemblablement postérieure, dans son état actuel, à la guerre de Cent Ans. De la même manière, ce n’est que la situation privilégiée du château de Ségonzac, à l’extrémité d’un coteau dominant l’estuaire, et l’ancienneté de l’occupation du sol dans ce lieu, qui constituent des indices permettant de supposer de l’ancienneté de l’implantation castrale, peut-être, là encore, de la fin du 15e siècle ou du début du 16e siècle. Si la partie résidentielle de ce château a disparu, nous privant d’informations archéologiques, le manoir de La Salle a conservé ses maçonneries anciennes. Cependant, les enduits qui recouvrent tout le bâtiment ne permettent pas de mener une analyse du bâti ; seule la présence d’une bouche à feu, peut-être datable de la fin du 16e siècle, constitue un maigre jalon chronologique. A partir du début du 18e siècle, ces deux sites sont signalés sur les cartes de l’estuaire et des environs de Blaye, et constituent des repères topographiques fort. Pour autant, ils ne sont pas symbolisés comme des maisons nobles sur les cartes de Cassini et de Belleyme de la fin de l’Ancien Régime, alors même que Ségonzac est mentionné, par ailleurs, comme « château ». Il est vrai que ces deux sites sont, avant tout, à cette époque, des domaines agricoles dotés de dépendances liées à la viticulture, alors en plein essor.
Dans la seconde moitié du 19e siècle, ce phénomène est accentué avec la création de véritables châteaux viticoles. Le premier a être créé est celui de Pérenne en 1870, dû à une famille de riches propriétaires du Blayais, les Arnaud, qui font appel à l’architecte bordelais Gustave Alaux.
L’autre château, celui du Prieuré, commence a être reconstruit dans la décennie 1880 pour une famille de notables, les Olanyer, qui font reconfigurer totalement le site.
Quant à l’ancien château de Ségonzac, sa partie résidentielle est entièrement détruite pour faire place à une nouvelle demeure accompagnée de dépendances viticoles modèles construites par l’architecte blayais Aurélien Nadaud dans ces mêmes années 1880, pour un propriétaire fortuné, Jean Dupuy. Ce dernier fait du château le point d’ancrage pour une carrière politique locale et nationale.
En décembre 1942, le commando Britannique de l’Opération Frankton franchit l’Estuaire de la Gironde en radeau pour paralyser les navires Allemands au Port de BORDEAUX.
Les quatre hommes descendent la Gironde jusqu’à Saint Genès de Blaye en profitant de la marée descendante et du courant, coulent leurs embarcations et s’enfoncent dans les terres pour entreprendre un voyage de 160 km en zone occupée à pied jusqu’à Ruffec (Charente). Pour plus de sécurité les deux équipes se séparent. Le , l’un des deux groupes (Laver et Mills) est repéré et dénoncé, près de Montlieu-la-Garde. Laver et Mills sont arrêtés et, malgré leur uniforme de l’armée britannique, sont considérés comme des terroristes (et non des militaires). Ils sont fusillés en à Paris.
L’autre groupe (Herbert Hasler et William Sparks), aidé par la Résistance française puis par les réseaux catalans et républicains espagnols, rejoignent Gibraltar le , en passant par Blaye, Donnezac, Saint-Germain-de-Vibrac, Saint-Même-les-Carrières, Saint-Preuil, Ruffec (), bois de Benest, Marvaux (où ils restent cachés 42 jours), Roumazières, Limoges, Lyon, Marseille, Perpignan, Bañolas, Barcelone, Madrid et enfin Gibraltar.